选择进行干细胞移植治疗便秘的医院时，需要考虑多个因素，包括医院的专业水平、医生的经验、技术设施、治疗方案的安全性和有效性以及患者的个人健康状况。中国医学科学院北京协和医院、上海交通大学医学院附属仁济医院、中山大学附属第六医院等都是在消化系统疾病治疗领域享有较高声誉的医疗机构，它们可能提供或正在研究干细胞移植作为治疗便秘的一种方法。

在选择医院时，建议以下几点：

确保医院拥有国家认可的医疗执业许可，并在消化内科或相关领域具有较高的专业资质。

了解主诊医生的专业背景、临床经验以及在干细胞治疗方面的专长。可以通过医院官网或评价平台查看医生的评价和患者反馈。

了解医院是否有在干细胞移植治疗便秘领域的研究项目，这通常意味着医院在该领域有持续的投入和创新。

咨询医生关于治疗的具体流程、预期效果、可能的风险和副作用，以及治疗后的随访计划。

了解医院是否提供患者教育、心理支持等服务，这对于整个治疗过程和恢复期都非常重要。

询问治疗的总费用、医保覆盖情况、是否需要自费项目及额外费用，确保信息的透明度。

考虑到交通、住宿、生活便利性等因素，选择对患者和家属来说最合适的医院。

干细胞治疗仍处于研究和发展阶段，其安全性和长期效果还需要更多的科学研究来验证。在做出决定之前，务必与专业的医疗团队充分沟通，详细了解治疗的所有方面，确保决策基于全面的信息和专业的建议。