治疗小脑萎缩的医疗机构选择，需要综合考虑医院的专业水平、医疗设备、医生团队以及患者的具体病情。在中国，有多家的神经内科和康复医学中心在这一领域有较高声誉，比如北京协和医院、上海交通大学医学院附属瑞金医院、广州中山大学附属第一医院等。这些医院都配备了先进的医疗设备，拥有丰富的临床经验和专业的医疗团队。

选择医院时，建议从以下几个方面进行考量：

1. 专业资质：确保医院具有合法的医疗执业资格，特别是针对神经内科和干细胞治疗的科室，应查看是否有相应的专科资质。

2. 专家团队：了解医院的专家团队背景，包括是否有多位在国内或国际上有影响力的神经科专家，以及他们在小脑萎缩治疗方面的研究和经验。

3. 治疗方法：了解医院提供的治疗方案，包括干细胞疗法、物理治疗、药物治疗等，并评估这些方法是否与患者的病情相匹配。

4. 患者评价：参考其他患者的治疗经历和评价，可以通过医院官网、社交媒体平台或者健康论坛等渠道获取信息。

5. 后续服务：了解医院是否提供全面的康复指导和长期的跟踪服务，这对于改善患者的生活质量至关重要。

6. 费用透明度：询问清楚治疗的总费用，包括手术费、药物费、住院费等，以及是否有医保报销的可能性。

7. 地理位置与便利性：考虑到治疗过程可能需要多次往返医院，选择一个交通便利、地理位置合适的医院也是很重要的。

最终的选择应基于对患者自身情况的综合评估，与主治医生深入沟通后做出决定。在任何情况下，都应该遵循医生的专业指导，不要轻信非专业来源的信息，避免使用未经证实的治疗方式。