在选择治疗韦格纳肉芽肿的干细胞医院时，关键在于寻找具备丰富经验、先进技术和良好患者评价的医疗机构。这类疾病属于罕见且复杂的自身免疫性疾病，需要专业的医疗团队和科学的治疗方法。在中国，有多家的大型综合医院和专门的呼吸科、风湿免疫科医院，在这一领域具有较高的声誉。例如，北京协和医院、上海交通大学医学院附属瑞金医院、中山大学附属第一医院等，这些医院不仅拥有强大的医疗资源，还设有专门的临床研究团队，致力于疾病的诊断、治疗和科研。

选择医院时，建议考虑以下几个方面：

1. 专业团队：确保医院有经验丰富的医生团队，特别是有在韦格纳肉芽肿治疗方面有深入研究和丰富经验的专家。

2. 治疗设备和技术：先进的医疗设备和最新的治疗技术对于提高治疗效果至关重要。

3. 患者评价：了解其他患者的治疗经历和反馈，可以通过医院官方网站、社交媒体平台或健康论坛获取信息。

4. 支持服务：良好的医院通常会提供心理咨询、营养指导等多方面的支持服务，帮助患者更好地应对疾病。

5. 地理位置和交通便利性：考虑到治疗周期可能较长，选择地理位置方便、交通便利的医院会更有利于患者及其家属的日常生活安排。

最后，重要的是与主治医生充分沟通，了解个人病情的具体情况和治疗方案，做出最适合自己的选择。同时，不要忘记关注医院是否具备国家认证的相关资质，确保治疗的安全性和有效性。