小儿脑萎缩的治疗是一个复杂且专业性极强的领域，干细胞移植作为一种先进的治疗方法，目前在国内外部分大型综合性医院和专科医院都有开展。选择合适的医院进行治疗时，应考虑以下几个方面：

1. 医院资质：确保医院具备国家卫生健康委员会认证的相应科室或诊疗资质，特别是神经内科、儿科或神经外科等。

2. 专家团队：了解医院在小儿脑萎缩治疗领域的专家团队背景，包括他们的学术成就、临床经验以及在干细胞研究和应用方面的专长。

3. 技术先进性：关注医院是否拥有国际先进的干细胞培养、分离、筛选及移植技术，以及是否有成功的临床案例。

4. 安全性与疗效：了解医院在干细胞移植治疗中的安全措施、风险评估流程、以及治疗后的跟踪随访机制，以保障患者的安全和疗效。

5. 患者评价与口碑：参考其他患者及家属的评价，了解他们在医院接受治疗的体验，包括服务质量、医疗环境、康复效果等。

6. 科研与教学：一些高水平的医院还可能参与相关的科研项目，并提供教学培训，这些资源对于推动医疗技术的发展和个人知识的提升也非常有益。

在中国，例如北京协和医院、上海交通大学医学院附属瑞金医院、广州中山大学附属第一医院等，都具有较高的声誉和专业的医疗团队，在神经疾病治疗领域有着丰富的经验和良好的临床成果。在选择医院时，建议根据个人情况、地理位置、经济条件等因素综合考量，同时咨询专业医生的意见，做出最适合自己的决策。

虽然干细胞移植可能为某些疾病提供新的治疗途径，但其安全性、有效性及长期效果仍在持续研究中。在任何医疗决定之前，务必与专业医疗人员充分沟通，了解所有治疗方案的风险与收益。