在选择进行干细胞治疗脑栓塞后遗症的医院时，重要的是要考虑到医院的专业水平、设备设施、医生团队的经验以及治疗方案的科学性。干细胞治疗作为一项新兴的医疗技术，在全球范围内都有研究与实践，但并非所有医院都提供此项服务，并且其效果因人而异，需要在专业医生的指导下进行。

在中国，一些大型综合性医院，如北京协和医院、上海交通大学医学院附属瑞金医院、广州中山大学孙逸仙纪念医院等，通常会拥有较为先进的医疗设备和专业的医疗团队，他们可能提供包括干细胞治疗在内的多种康复治疗方法。在这些医院，患者可以接受全面的评估，医生会根据患者的病情、身体状况和具体需求，制定个性化的治疗计划。

无论选择哪家医院，都建议在决定前与医生进行充分沟通，详细了解治疗的风险、收益和可能的副作用，做出最适合自己的决策。同时，保持乐观的心态，积极配合治疗，对于恢复过程中的每一个进步都要给予肯定和支持。