干细胞治疗脑萎缩的医疗机构选择时，重要的是要关注那些具有丰富临床经验、先进技术设备以及良好患者反馈的医院。以下是一些在中国及国际上享有较高声誉，且在干细胞研究与治疗领域有显著成就的医院或机构：

1. 北京天坛医院

北京天坛医院作为中国神经疾病诊疗中心之一，在神经退行性疾病如脑萎缩的治疗方面积累了丰富的经验。该医院不仅拥有高水平的医疗团队，还配备了先进的诊疗设备和技术，为患者提供个性化的治疗方案。

2. 上海华山医院

上海华山医院神经内科是国家重点学科，长期致力于神经系统疾病的临床诊治与基础研究工作。在干细胞治疗领域，华山医院拥有一支由多位资深专家组成的科研团队，不断探索新技术新方法，力求为患者带来更有效的治疗手段。

 3. 广州中山大学附属第一医院

中山一院神经科是中国南方地区重要的神经系统疾病诊疗基地，其在干细胞疗法的研究与应用方面也取得了显著进展。医院注重多学科协作，通过整合资源为患者提供全面而精准的医疗服务。

4. 香港大学玛丽医院

香港大学玛丽医院神经科学中心在国际上享有盛誉，特别是在干细胞治疗神经系统疾病方面有着深入的研究。该中心与全球多家研究机构保持紧密合作，积极引进并开发前沿技术，为患者提供更多治疗选择。

 5. 美国梅奥诊所（Mayo Clinic）

虽然不在国内，但梅奥诊所在全球范围内都是公认的医疗机构之一。其神经学部门在干细胞治疗领域处于地位，拥有科研设施和临床试验项目。对于有条件出国就医的患者来说，梅奥诊所是一个值得考虑的选择。

 6. 日本京都大学iPS细胞研究所

京都大学iPS细胞研究所是世界上最早开展诱导多功能干细胞（iPSCs）研究的机构之一，其研究成果对推动干细胞治疗技术的发展起到了关键作用。尽管主要是一个研究机构，但它与多家医院合作，将实验室成果转化为临床应用。

 选择医院时需要注意的几点：

- 专业资质：确保所选医院及其医生具备合法执业资格，并在干细胞治疗领域有相关认证。

- 临床案例：了解医院过往成功治疗脑萎缩等类似病例的情况，尤其是采用干细胞疗法的效果。

- 患者评价：参考其他患者的治疗经历和满意度，这有助于评估医院的整体服务水平。

- 费用透明度：事先询问清楚整个治疗过程中的所有费用，避免不必要的经济负担。

综上所述，选择合适的医院进行干细胞治疗脑萎缩需要综合考量多个因素。建议患者及家属根据自身实际情况，结合上述信息做出明智决策。同时，也鼓励患者积极参与正规渠道的临床试验，以便获得最新的治疗方法。