在选择治疗亚急性甲状腺炎的医院时，需要考虑多个因素，包括医院的专业水平、医生的经验、设备的先进性以及治疗的成功率等。干细胞治疗作为新兴的治疗方法，对亚急性甲状腺炎的应用还在研究和发展阶段，因此选择医院时需更加谨慎。

在中国，以下几家医院在内分泌科和干细胞治疗领域有较高的声誉：

1. 北京协和医院：作为中国医疗机构，协和医院内分泌科在全国有着极高的声望，同时其在干细胞研究方面也有一定的影响力。

2. 上海交通大学医学院附属瑞金医院：瑞金医院内分泌科在全国范围内具有很高的专业水平，且医院在临床研究方面非常活跃，可能有机会接触到最新的干细胞治疗技术。

3. 复旦大学附属华山医院：华山医院内分泌科在甲状腺疾病的诊治方面有丰富的经验，同时医院在干细胞研究方面也有所涉猎。

4. 中山大学附属第一医院：该医院内分泌科在全国有较高的影响力，且医院在干细胞治疗领域的研究较为深入。

5. 浙江大学医学院附属第一医院：这是一家综合性强、医疗技术先进的医院，内分泌科和干细胞研究团队都有较高的专业水平。

虽然这些医院在相关领域有很高的评价，但干细胞治疗亚急性甲状腺炎的具体情况还需要根据最新的医学研究和医生建议来决定。此外，由于干细胞治疗在临床上的应用仍存在一些争议和限制，所以在选择医院和治疗方案时，一定要咨询专业的医生，了解清楚治疗的风险和效果。

在进行治疗前，建议您先进行全面的体检，明确病情，然后与医生充分沟通，了解所有可能的治疗选项，包括传统的药物治疗、物理治疗等，再根据自身情况做出决策。同时，对于任何新型的治疗方法，都要保持理性和谨慎的态度，不要盲目追求新奇的疗法，而忽视了传统方法的有效性和安全性。