干细胞治疗在肺栓塞的临床应用仍处于研究阶段，目前全球范围内的机构都在进行相关的探索和试验。选择医院时，需要考虑医院的专业水平、科研实力、医生经验以及临床试验情况等因素。以下是一些在干细胞研究领域有较高声誉的医院：

1. 美国约翰斯·霍普金斯医院：作为全球医疗机构之一，约翰斯·霍普金斯医院在干细胞研究和再生医学领域有着深厚的积累，其心血管疾病研究中心在肺栓塞的治疗上有着丰富的经验和前沿的研究。

2. 美国哈佛医学院附属麻省总医院：麻省总医院是全球最早的干细胞研究中心之一，其心血管疾病部门在肺栓塞的治疗上采用了许多创新疗法，包括干细胞治疗。

3. 美国斯坦福大学医学中心：斯坦福大学在干细胞研究方面一直处于全球地位，其心脏血管疾病研究所对肺栓塞的干细胞治疗进行了深入研究。

4. 德国慕尼黑大学医院：德国在生物医学领域有着很高的研究水平，慕尼黑大学医院在干细胞治疗肺部疾病方面有显著的成果。

5. 英国伦敦国王学院医院：该医院的心脏病学部门在全球享有盛誉，他们在干细胞治疗心血管疾病方面的研究走在前列。

6. 中国北京协和医院：作为中国最医疗机构之一，协和医院在干细胞研究方面也有一定的积累，其心内科对于复杂心血管疾病的治疗经验丰富。

7. 中国上海交通大学医学院附属瑞金医院：瑞金医院在干细胞治疗心血管疾病方面有较多的临床研究，且与国内外多家科研机构有深度合作。

8. 加拿大多伦多大学医院：多伦多大学医院在干细胞研究方面有很强的实力，其心血管疾病研究中心在肺栓塞的干细胞治疗上有独到的见解。

9. 澳大利亚悉尼皇家阿尔弗雷德王子医院：该医院在干细胞治疗肺部疾病方面有积极的探索，尤其在临床试验方面取得了一定的进展。

10. 日本东京大学医院：日本在再生医学领域有着世界技术，东京大学医院在干细胞治疗肺栓塞的研究上也有一定的成果。

需要注意的是，虽然这些医院在干细胞治疗肺栓塞方面有一定研究，但目前这一疗法尚未被广泛应用于临床，大多数研究仍处于临床试验阶段。因此，在选择治疗方案时，应根据自身病情，与医生充分沟通，遵循科学的医疗建议。