干细胞治疗是一种新兴的医疗技术，对于混合性结缔组织病等自身免疫性疾病有一定的研究和应用。然而，目前干细胞治疗在临床上仍处于试验阶段，其疗效和安全性还在不断探索中，且全球范围内并没有明确的医院排名。选择进行干细胞治疗的医院时，应主要考虑以下几个因素：

1. 医院的专业水平：首先，医院需要有专业的风湿免疫科和血液科，这两个科室通常会涉及到干细胞治疗。医生团队应该有丰富的临床经验和专业背景，对MCTD有深入的理解，并且在干细胞治疗领域有研究和实践经验。

2. 科研能力：医院是否有专门的干细胞研究实验室，能够进行干细胞的分离、培养和移植等操作，以及进行相关的临床试验。科研能力强大的医院往往能提供更前沿、更个性化的治疗方案。

3. 临床试验：了解医院是否参与或正在进行干细胞治疗MCTD的临床试验。

4. 患者评价：可以参考其他患者的经验和评价，了解医院的服务质量和治疗效果。

在中国，一些综合性医院如北京协和医院、上海瑞金医院、中山大学附属第三医院等，在风湿免疫疾病和干细胞治疗方面都有较高的专业水平和研究实力。在其他国家，例如美国的约翰斯·霍普金斯医院、麻省总医院，以及英国的伦敦国王学院医院等，也都是在干细胞研究和治疗领域处于地位的医疗机构。

需要注意的是，无论选择哪家医院，都应与医生充分沟通，了解治疗的风险和可能的副作用，做出最适合自己的决定。同时，由于干细胞治疗的费用通常较高，还需要考虑经济承受能力。在治疗过程中，配合医生的治疗方案，保持良好的生活习惯，也是恢复健康的关键。